Betrugsfälle sind möglich, wenn ein Marktteilnehmer CO2-Zertifikate in einem anderen EU-Land umsatzsteuerbefreit erwirbt, die Zertifikate mit Umsatzsteuer im Land weiterverkauft und sich seinerseits aber der Abführung der eingenommenen Umsatzsteuer an den Staat entzieht.

Betrugsfälle dieser Art wurden auch schon in den Niederlanden, Frankreich und Großbritannien bekannt (Dow Jones TradeNews Energy berichtete). Das britische Schatzamt setzte daraufhin Ende Juli 2009 die Mehrwertsteuer beim Handel mit Emissionszertifikaten auf Null. Während die französischen Behörden den Emissionshandel von der Steuerpflicht befreiten, führten die Niederländer eine so genannte Reverse Charge ein. Dabei führt der Käufer die Umsatzsteuer direkt ans Finanzamt ab.