Basierend auf der Zuteilung für die Handelsperiode 2008 bis 2012 gibt die DEHSt jährlich zum 28. Februar die Emissionsberechtigungen für das laufende Handelsjahr aus. Anlagenbetreiber erhalten ihre Emissionsberechtigungen für eine Handelsperiode also nicht vollständig im ersten Jahr, sondern in jährlichen Tranchen. So können Änderungen der Zuteilungsentscheidung, die auf aktuellen Kapazitätserweiterungen, Fusionen oder auch Stilllegungen von Anlagen beruhen, bei der Ausgabe berücksichtigt werden. Die Unternehmen erhalten die ihnen zustehenden Emissionsberechtigungen über eine Buchung auf ihr Konto im Deutschen Emissionshandelsregister.

Seit 2005 müssen Unternehmen der Energiewirtschaft und der emissionsintensiven Industrie jährlich Emissionsberechtigungen in Höhe ihrer tatsächlichen CO2-Emissionen bei der DEHSt abgeben. Der Emissionshandel verbindet Ziele zum Schutz der Umwelt mit ökonomischer Effizienz: Er legt Treibhausgasminderungsziele fest und räumt den Unternehmen dabei Flexibilität ein, die Klimaschutzziele kostengünstig zu erreichen. Die DEHSt ist die zuständige Stelle zur Umsetzung des EU-Emissionshandels in Deutschland. Sie teilt den Anlagen nach den jeweiligen gesetzlichen Grundlagen eine bestimmte Menge an Emissionsberechtigungen unentgeltlich zu.

Anlagenbetreiber, die Klimaschutzmaßnahmen umsetzen oder besonders innovativ sind und so ihre CO2-Emissionen vermindern, können überschüssige Emissionsberechtigungen verkaufen. Sie haben damit eine zusätzliche Einnahmequelle. Die Unternehmen müssen Emissionsberechtigungen zukaufen, sofern ihnen die zugeteilte Menge zur Deckung ihrer CO2-Emissionen nicht ausreicht. Andernfalls drohen zusätzliche Zahlungen an die DEHSt in Höhe von 100 Euro pro Tonne CO2. Die Anlagenbetreiber müssen die fehlenden Emissionsberechtigungen nachträglich erwerben und im Emissionshandelsregister der DEHSt abgeben.

Das Register ist ein wesentlicher Bestandteil des Emissionshandels. In ihm wird festgehalten, wer im Besitz welcher Emissionsberechtigungen ist. Über das Internet können die Anlagenbetreiber Kontostände abrufen und Transaktionen auslösen. Unter anderem erfolgt im Register der jährliche Abgleich, ob ein Anlagenbetreiber im Umfang seiner CO2-Emissionen auch Emissionsberechtigungen abgegeben hat. Außerdem erfüllt das Emissionshandelsregister grundlegende Aufgaben für die Bundesrepublik Deutschland im Rahmen des UN-Kyoto-Protokolls. Das Emissionshandelsregister ist keine Handelsplattform und bildet keine Kaufs- und Verkaufsaufträge oder Preise ab.