Die ECRA ist als Registerservicestelle für die Abwicklung des operativen Betriebes des Emissionsregisters seit Anbeginn 2004 tätig. Dies erfolgt mittels eines elektronischen Registrierungssystems zur Verwaltung der Emissionszertifikate.

Die Aufgaben umfassen die genaue Verbuchung von Vergabe, Besitz, Übertragung, Erwerb, Löschung und Ausbuchung von Zertifikaten bzw. Kyoto-Einheiten. Dadurch kann die Einhaltung der Verpflichtungen zur Emissionsminderung in Österreich nachgewiesen werden.

Im Juni 2012 hat die Europäische Kommission den Umstieg auf ein unionsweites Emissionsregister (EU Emissions Trading System, kurz EU ETS) festgelegt. Damit wird das Unionsregister die EU-weite Abwicklung der Emissionszertifikate übernehmen.

Gleichzeitig entfällt mit Inkrafttreten der neuen RegisterstellenVO am 01.01.2013 die Verpflichtung des Bundesministeriums für die Beauftragung einer Registerservicestelle, weshalb auch die ECRA mit Ende des Jahres 2012 aufgelöst wird.